开源/开放科学 1999

作者:Stephen Adler

纽约长岛布鲁克海文国家实验室 (BNL) 主办了首次直接探讨开源和科学的会议。会议恰如其分地命名为“开源/开放科学”。

开源(或自由软件)运动与科学方法之间有许多相似之处,它们共同之处在于思想的自由交流。发布自己的理论和实验结果以证实或驳斥关于自然规律的特定观点,是推动科学发展的方法之一。将您的软件发布到 FTP 站点供他人下载、批评(或赞扬),并返回改进和错误修复以包含在源代码库中,这符合科学研究开放性的原则。

由于这种紧密的相似性,以及科学家们努力使用最新的可用技术,并经常发明新技术来推进他们的研究,因此,关于开源软件及其在科学中的应用的会议被认为是合适的。事实上,科学家们长期以来一直依赖 GNU/开源/自由软件。它在应用上的增长和对该软件的依赖每年都在增加。

会议于 1999 年 10 月 2 日在实验室园区举行。第一个目标是强调开源软件在科学中的应用;第二个目标是鼓励私营领域将其软件技术贡献给开源代码库。最后,人们认为将此次活动与公共关系推广相结合是恰当的,通过向当地和国家社区宣传 BNL 正在进行的激动人心的工作。由于开源软件可以被任何人使用,从在 PC 上运行 Linux 的小学生到天气预报超级计算机,这被证明是公众了解 BNL 和其他国家实验室和全国大学所做科学研究的绝佳机会。

白天,安排了单轨道的特邀演讲。与这些演讲相辅相成的是对研究设施的参观,开源软件在这些设施中发挥着重要作用。它们包括四个 RHIC(相对论重离子对撞机)探测器中的两个、信息技术部、神经影像研究设施和国家同步辐射光源。发布了关于研究中使用的开源软件项目的摘要征集;共提交了 14 份摘要。一个装满 X 终端的房间,由一台 Linux PC 提供服务,用于演示每个摘要。

特邀演讲分为四组。第一组称为“开源和开放科学导论”。 Bruce Perens 谈到了开源,而 Dan Gezelter 是一位化学家,他在圣母大学指导开放科学项目,并负责 http://www.openscience.org/ 网站,他介绍了他的开放科学项目。

第二组侧重于大规模计算。 Yuefan Deng 首先介绍了在纽约州立大学石溪分校构建的适度的 Galaxy Beowulf 集群。 随后是 BNL 的 Tom Throwe,他介绍了 RHIC 计算中心 (RCF)。 RCF 的目标是汇集 1000 个 Intel 节点,以“实时”处理 RHIC 四个探测器以 60MB/秒的持续速率生成的数据。 来自 SGI 的 Kent Koeninger 介绍了 XFS 日志文件系统的开源,XFS 日志文件系统是 RCF 等大规模计算设施所需的关键组件,RCF 每年将处理拍字节(一百万千兆字节)的数据。 BNL 生物学系的 Malcolm Capel 介绍了使用 Mosix 管理 16 节点 Linux 服务器群的情况。 这些 PC 用于解码从国家同步辐射光源的 X 射线衍射技术收集的数据中获得的基因结构。

第三组专门讨论分析和可视化软件。 来自 IBM 的 Bill Horn 谈到了 OpenDX 以及它如何成为开源软件。 来自 SGI 的 Jon Leech 介绍了 OpenGL 和 GLX 的开源工作。 洛斯阿拉莫斯国家实验室的 Mark Galassi 介绍了他在 GNU 科学库方面的工作。 最后,BNL 的 Bill Rooney 通过介绍医学影像研究中的开源工作结束了本节。

最后一节侧重于政治领域。 Jon “maddog” Hall 将他的演讲命名为“在它开放之前,它不算开放”。 紧随其后,他主持了一个关于“克服能源部 (DOE)、国家科学基金会和 BNL 等国家设施在使用和贡献开源技术方面面临的障碍”的小组讨论。 小组成员包括 VA Linux 的 Larry Augustin、Pennie and Edmonds 的 Oggy Shentov(一家专门从事知识产权法的纽约律师事务所)、Red Hat 的 Michael Johnson、technocrat.net 的 Bruce Perens 和 DOE 的 Fred Johnson。 小组讨论证明是一场活跃的讨论。 Fred Johnson 表示,他正在认真记录所有发生的事情,并将向能源部汇报。

会议被所有人认为是一次成功的会议。 超过 200 人参加了会议。 供应商展示了他们的计算机设备、软件和服务。 红帽和 VA Linux 提供了主要的赞助资金。 实验室主管会的几位成员出席了会议。 其中一位几天后告诉我,他认为这次活动将被视为科学界开源运动的转折点。

Open Source/Open Science 1999
当不在 BNL 与 PHENIX 实验一起构建探测器以寻找夸克胶子等离子体时,Stephen Adler (adler@ssadler.phy.bnl.gov) 将他的时间花在实验室周围的四轮越野或撰写关于开源运动背后人物的文章上。
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