EOF - 科学开放获取

作者:Christopher M. Frenz

科学界,尤其是在生物信息学领域,一直是开源技术的坚定支持者。Linux 和相关技术,如 Perl 编程语言,正迅速成为生物科学计算研究的实际标准。事实上,开放性和信息共享是科学界最基本的原则之一。科学进步的基础是,一个小组发现的信息应该也有利于其他小组的研究和开发工作。

信息共享通过在同行评审期刊上发表科学研究来推广。然而,这个系统中存在一个问题。大多数学术期刊不向作者支付稿酬,许多期刊实际上还对投稿的科学家收取版面费。期刊编辑委员会通常也由无偿服务的科学家组成。然而,尽管学术期刊在文章和编辑指导方面几乎没有成本,但它们中的许多期刊要求研究机构的研究人员必须支付高昂的订阅费才能访问这些期刊中包含的研究成果。

然而,生物信息学领域开源革命的兴起正在导致对这种出版模式的重新评估。或许,从本质上讲,这两场运动 realmente 都在为同一个目标而努力。开源软件革命旨在促进软件用户之间的自由,使他们可以自由地以他们认为合适的任何方式使用软件。在这些自由中,包括检查源代码和研究软件内部工作原理的能力,以便了解其运行方式。然后,用户可以自由地修改此源代码并根据自己的需要进行调整。然后,用户可以将这些改进提供给世界其他地方。

在开源社区内,软件就是这样演变的。有人有一个想法,并发布一个程序使这个想法成为可能。然后,其他人能够利用这个功能并将其应用于新的问题集,甚至可能是原始作者从未想过的。作为科学家,我们目前正在为我们的研究成果寻求同样的自由。

科学界实际上已经朝着这个方向取得了一些进展,一些新兴的出版物,如公共科学图书馆(PLOS),将其出版的所有文章都设为开放获取。然而,许多老牌出版物仍然坚持认为,他们必须继续收取高额订阅费和在线访问档案的费用才能盈利。

然而,开放获取运动的势头正在增强,并促使美国国立卫生研究院(NIH)提出了一个有希望的提案,该组织资助了美国境内的大部分生物医学研究。根据这项新提案,出版商可以将 NIH 资助研究产生的出版物的独家订阅访问权限保留六个月。在那之后,论文必须以电子格式向公众开放,并存档在科学文献库(如 Pubmed)中。如果这项提案获得通过,将是在生物科学领域实现研究文章开放获取方面迈出的重要一步。预计许多出版商会调整他们的方式,而不是冒着失去大量文章的风险,因为这些文章有助于他们的期刊首先销售出去。

然而,作为 Linux 和开源爱好者,这个问题对我们来说不仅仅是访问科学发现的自由。它代表着在一个在许多方面都试图变得更加封闭的环境中,朝着开放性的转变。我们都目睹了音频文件、视频、电子书和专有软件的复制限制方法的发展。美国唱片业协会(RIAA)等行业组织也试图对我们使用电子媒体和软件的方式增加额外的限制。

当前的出版运动是朝着另一个方向迈出的一步——朝着促进我们在转向开源解决方案时所寻求的相同类型的自由和开放性迈出的一步。开放获取问题不仅对其可能有助于释放的科学进步具有重要意义,而且还因为它为开源社区提供了一种替代手段,以启迪社会了解自由和开放的美德。反过来,这可能会为开源事业赢得更多支持。因此,本着自由和开放的精神,我们应该团结起来支持这个问题,并要求公开访问我们的税收和学费所支持的研究成果的权利。

Christopher M. Frenz 是一位生物信息学家,拥有五年以上 Linux 使用经验。他也是 Visual Basic and Visual Basic .NET for Scientists and Engineers (Apress) 一书的作者,目前正在撰写一本关于 Perl 编程的书籍。

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