介绍 EasyChem，一个生成出版质量分子结构图像的程序。

化学是计算科学中的重要领域之一。自始至终都是如此，今天也不例外。因此，一些软件包专门针对这个用户群体。这些软件包大多专注于计算化学领域的内容，例如键能或蛋白质折叠结构。但是，一旦完成了科学部分，您需要能够传达您的结果，通常以期刊上发表的论文的形式。而且，您需要传播的信息的一部分是您工作中分子的图像。而这正是本文的主题 EasyChem 发挥作用的地方。

EasyChem 帮助生成出版质量的分子结构图像。它应该在大多数发行版的软件包管理仓库中可用。在基于 Debian 的发行版中，您可以使用以下命令安装它

sudo apt-get installed easychem

安装完成后，您可以从 GUI 的菜单系统或命令行启动它。首次启动时，您会得到一个空白画布，您可以在其中开始您的项目。

您首先要检查的事情之一是是否有启用帮助消息的选项。您可以通过单击“选项”→“学习消息”来检查这一点。选中此项后，您将在 EasyChem 窗口的底部栏中获得有用的信息。

让我们从一个简单的分子（如苯）开始。苯是由六个碳原子组成的环，每隔一个键是双键。您可以使用绘图窗口底部的选项创建此结构。确保选中“添加键”选项，然后从“键类型”的下拉列表中选择“简单”键。如果您现在将鼠标指针放在窗口中的某个位置并单击并拖动，您将得到一个单键。要获得环，您需要按住 Ctrl 键，然后单击并拖动。这将为您绘制一个环状结构。

您可以使用窗口左下角的“环大小”选项设置环中使用的原子数。默认值为六，这正是您苯环所需的。

要获得交替的键类型，请选择底部的“编辑”选项，然后您就可以选择单个键并更改其类型。当您选择其中一个键时，您将看到一个新的弹出窗口，您可以在其中更改详细信息，例如键的类型，以及颜色和相对宽度（如果是多重键）。

图 2. EasyChem 允许您更改单个键的多个选项。

一旦您构建了一些图表，您可能希望对整体外观进行修改。当您选择窗口底部的第一个选项（标记为“调整”）时，您可以选择一个或多个对象并调整它们在图表中的位置。如果您有一组需要移动的对象，您可以使用鼠标在它们周围创建一个框来选择它们。然后它们会改变颜色以显示它们已被选中，您可以移动它们。如果您改为选择一个单键，则当您移动该单键时，分子的其余部分将被调整。

图 3. 您可以单独或成组地移动图表的元素。

您可以使用“旋转”选项旋转图表的选定部分。在苯环示例中，您无法旋转单个键。旋转整个环才有意义。

您还可以向键的末端添加装饰。这些项目包括非键对、电子间隙或自由基。如果要为分子添加更大的部分，您可能需要从更简单的片段开始构建。例如，如果您想向苯环添加一个 OH 基团，您可以在其中一个顶点添加一个单键。接下来，在这个新键的末端，您将添加一个“原子/基团”键类型，然后您可以为其添加标签。

图 4. 您可以使用更简单的结构来构建更复杂的对象。

键类型列表提供了其他装饰选项。例如，您可以在苯环的中心添加一个圆圈，或者您可以添加箭头或弧线来指示过渡。

您可以使用本机文件格式保存图像。当您单击“文件”→“保存”时，会弹出一个对话框窗口，要求您将您的工作保存到以“.ech”结尾的文件中。这样，您可以保存您的中间步骤，并能够重新创建任何输出文件。完成分子绘制后，您需要导出它，以便可以在您的文档中使用它。EasyChem 提供了多种选项，用于将您的图像导出为封装的 PostScript 文件。这些文件的文件扩展名为“.eps”。如果您正在使用 LaTeX 编写论文，这可能是您的最佳选择，因为它提供了最佳质量。它还具有以 xfig 格式保存的功能。然后您可以将其导入到任何其他理解 xfig 的软件中。这两种选项都是基于文本的文件格式。它们本质上是指示打印设备的指令。最后一个选项是将其导出为 PDF 格式。虽然可能更多人对 PDF 文件有经验，但它们本质上是二进制的。这意味着它们不容易合并到其他文档中，因此您很可能需要接受默认的 EPS 文件格式。