科学

使用 cadnano 进行 DNA 几何建模

本文介绍了一个可用于处理三维 DNA 折纸的工具。该软件包名为 cadnano,目前正在 Wyss 研究所开发。使用此软件包,您将能够构建和操作 DNA 结构的三维表示,并生成您作品的出版质量图形。

使用 KDE 的 Kalzium 研究元素

我过去曾写过许多化学软件包以及您可以在 Linux 环境中进行的计算化学。但是,化学的基础是什么?当然是元素。因此,在本文中,我重点介绍如何使用 Kalzium 更多地了解构成您周围一切的元素。KDE 的 Kalzium 有点像类固醇上的元素周期表。它不仅包含有关每个元素的信息,还具有执行其他类型计算的额外功能。

使用 ParaView 可视化科学

我想介绍一个更流行的工具,用于可视化几个科学学科中的数据:ParaView。ParaView 最初是 Kitware, Inc. 和洛斯阿拉莫斯国家实验室于 2000 年共同开展的项目。第一个公开发布的版本是 0.6,于 2002 年发布。从那时起,ParaView 已成为可视化大型数据集的最流行的可视化软件包之一。

使用 KmPlot 在 Linux 上绘图

本期 Linux Journal 标志着该杂志创刊 25 周年。因此,我想回顾一下我第一次写文章是什么时候,我震惊地发现那是在 2000 年。我太年轻了,不可能写文章超过 18 年!祝 Linux Journal 和所有使其成为现在的样子的作者们再创 25 年辉煌。

Linux 中的天线

对于本文,我想介绍一个我最近在自己的工作中实际使用过的软件。我的新日常工作包括使用一种称为电离层探测仪的仪器研究电离层。该设备基本上是一个巨大的无线电发射器,它将无线电波从电离层反射回来,以查看其结构和成分。显然,其中重要的一部分是了解各种发射器和接收器的辐射模式。

周末阅读:科学

数学和科学工具通常依赖于集群和高性能计算,这两者无疑都是 Linux 的优势。再加上 Linux 可用的科学工具的成熟度,您将获得大量的计算价值。加入我们这个周末,我们将回顾 Linux 的物理学、化学、生物学、天文学和其他科学程序。

任何其他名称的天文学软件

在本文中,我介绍了天文学家的另一个可用选项——特别是 Cartes du Ciel,也称为 SkyChart。与其他更大的天文程序类似,您可以从桌面到天文台使用 SkyChart。

模拟整个宇宙

对于本文,我想看看可能最大的东西,整个宇宙。至少,这是 Celestia 声称的,我在这里介绍的软件包。但说真的,Celestia 是一个非常出色的天文模拟器,类似于其他软件包,如 Stellarium。Celestia 完全是开源的,并根据 GPL 获得许可。

将 Linux 用于逻辑

我已经介绍了大量可以在您的计算机上运行以进行相当复杂计算的不同科学应用程序,但到目前为止,我还没有真正考虑过运行此软件的硬件。因此,在本文中,我将介绍一个软件包,该软件包使您可以深入研究用于构建计算单元的逻辑门级别。

周末阅读:Python

Python 易于使用、功能强大、用途广泛,并且是 Linux Journal 读者的最爱。我们为您收集了一些最近最受欢迎的 Python 相关文章,供您周末阅读。Reuven M. Lerner 介绍 PyInstaller:想将 Python 程序分发给没有 Python 的客户端吗?PyInstaller 就是答案。Reuven M. Lerner 撰写的字节、字符和 Python 2:从 Python 2 迁移到 3?这是您需要了解的有关字符串及其在升级中的作用的信息。Reuven M. Lerner 介绍 Python 3.7 的数据类:Python 3.7 的数据类减少了类定义中的重复。Reuven M. Lerner 检查使用 Pandas 的数据:您无需成为数据科学家即可使用 Pandas 进行一些基本分析。Reuven M. Lerner 撰写的 Python 中的多进程:Python 的“多进程”模块感觉像线程,但实际上启动了进程。

KDE 的 KAlgebra 概览

我过去介绍的许多程序都是与桌面环境无关的——它们所需要的只是某种图形显示运行。本文介绍 KDE 桌面环境中的程序之一 KAlgebra。您可以使用发行版的软件包管理系统来安装它,也可以使用 Discover,KDE 的软件包管理器。安装完成后,您可以从命令行或启动菜单启动它。当您首次启动 KAlgebra 时,您会获得一个空白的石板来开始进行计算。

KDE 上的天文学

我最近切换到 KDE 和 Plasma 作为我的主要桌面环境,所以我想我会开始深入研究 KDE 上可用的某些科学软件。首先是 KStars,桌面天文程序。KStars 可能不会与标准 KDE 桌面一起安装,因此您可能需要安装它。如果您使用的是基于 Debian 的发行版,则可以使用以下命令安装 KStars

使用 GAMGI 进行原子建模

对于本文,我将回到化学软件领域——特别是通用原子建模图形界面,或 GAMGI。GAMGI 提供了一套非常完整的工具,可让您设计和可视化相当复杂的分子。GAMGI 具有使创建重复结构更容易的特殊能力,这在您尝试创建晶体结构时非常方便。

使用 JaxoDraw 绘制 Feynman 图以获得乐趣和利润

在过去的几篇文章中,我一直在介绍化学软件,所以这次,我决定转向物理学并介绍一个名为 JaxoDraw 的软件包。在物理学中,有一种强大的技术可以可视化量子水平的粒子相互作用。该技术使用一种称为 Feynman 图的东西,由物理学家 Richard Feynman 发明。这些图有助于可视化当一个或多个粒子发生某种相互作用时会发生什么。

R 的良好前端

R 是开源世界中事实上的统计软件包。它也正在迅速成为许多科学学科中的默认数据分析工具。R 的核心设计包括一个运行代码的中央处理引擎,以及一个非常简单的外部世界接口。这个基本接口意味着很容易构建包装 R 核心部分的图形界面,因此存在许多可以作为 GUI 使用的选项。

介绍 Spyder,科学 PYthon 开发环境

如果您想将 Anaconda 用于科学项目,首先要考虑的是 spyder 软件包,该软件包包含在基本 Anaconda 安装中。Spyder 是科学 PYthon 开发环境的缩写。可以将其视为 Python 中科学编程的 IDE。